Aunque Doñana es un conjunto unitario, en el Parque se pueden diferenciar tres ecosistemas: playas y dunas, cotos y marismas. Cada uno de ellos tiene sus propias características pero convive perfectamente con los demás, gracias a ciertas relaciones de mutua necesidad.

1.- PLAYAS Y DUNAS
La costa de Doñana abarca 33Km. de playas entre Matalascañas y la desembocadura del Guadalquivir. Las playas son anchas y arenosas que cambian de aspecto según las mareas. Los vientos procedentes del mar soplan casi siempre de suroeste y levantan las arenas y las transportan al interior formando cadenas de dunas móviles paralelas a la costa. Estas cadenas dunares se desplazan lentamente hacia el interior. Entre dos frentes de dunas aparecen unas zonas bajas y húmedas que se llaman los corrales, en los que crece la vegetación. En su avance, las dunas invaden los corrales, ahogando la vegetación hasta secarla. Los esqueletos secos de los pinos sepultados reaparecen tras alejarse la duna, son los campos de cruces.
A veces, algún pino tiene la suerte de no ser tapado por la duna y siguen viviendo tras el paso de la arena. Son los pinos testigos.

Flora y fauna de las playas
En las arenas que invade el agua de las mareas, la vegetación es prácticamente inexistente.
La fauna, en cambio, es abundante y está constituida por aves que aprovechan los restos de peces, moluscos y crustáceos que arroja el mar como son: los correlimos, el ostero, el chorlito, el chorlitejo la aguja, la gaviota argentea, la gaviota sombría, el fumarel o el zarapito.

En la orilla se pueden ver toda una serie de moluscos típicos de las costas arenosas: el peregrino, el nácar, la coquina, la torrecilla... así como varias especies de algas, entre ellas el fuco. En los fondos rocosos cercanos habitan el ostión, el mejillón, la lapa y la bellota de mar.

Flora y fauna de las dunas y los corrales
La flora de las dunas es escasa. Hay matorrales como el barrón, la clavellina, el enebro y la camarina.
En los corrales la flora varía según la humedad del suelo. Hay pinos, sabinas y matorrales como la aulaga, el jaguarzo, el romero, el brezo y algunos otros.
La fauna la componen reptiles como víboras, culebras, lagartijas y tortugas; mamíferos como los conejos, el lince y el jabalí; y aves como el halcón peregrino, el águila culebrera y el halcotán.

2. COTOS
Los cotos son arenales estabilizados por la vegetación, salpicados de lagunas en las zonas más bajas. Las lagunas más grandes son las de Santa Olalla y la Dulce.

Flora y fauna de las lagunas
Alrededor de las lagunas crecen abundantes pastizales frecuentados por el ciervo, el gamo y la vaca marismeña.

Entre la flora asociada a la laguna hay matorrales compuestos de: zarzas, helechos, tojos, brezos, juncos, eneas, poleos y otros.

En las lagunas está representada casi toda la fauna del Parque. Destacan las aves acuáticas como los ánades, las fochas, zampullines, garzas y flamencos.

En los fondos y en los bordes de las lagunas viven peces como la anguila y la carpa y reptiles como los galápagos, culebrillas y lagartos y anfibios como los sapos.

Flora y fauna de los cotos
Los cotos son zonas cubiertas por matorrales y algunos árboles dispersos. Entre estos tenemos: alcornoques, sabinas, madroños, acebuches, fresnos, pinos piñoneros y eucaliptos de repoblación.

En los cotos hay tres tipos de matorral:

En las zonas elevadas, secas y expuestas al sol, crecen el romero, el tomillo, el cantueso, las jaras…Todos ellos forman el matorral mediterráneo típico.

En las zonas bajas, que son más húmedas, crecen los brezos, el mirto, el labiérnago y varias especies de gramíneas; es el monte negro.

Un tercer tipo de matorral es el monte blanco llamado así porque su especie más representativa, el jaguarzo, da al paisaje un color gris claro.

Los animales más llamativos de los cotos son grandes mamíferos, como el ciervo, el jabalí y el lince y las grandes rapaces como el águila imperial. En total viven más de 80 especies de vertebrados.

Para los mamíferos es un buen hogar , pues la espesura del monte negro les brinda un buen refugio. Allí vive el lince, el meloncillo, el zorro, la gineta, el tejón y otros.

Las aves encuentran en los cotos el lugar idóneo para nidificar: la paloma torcaz, el críalo, la perdiz, el cernícalo, el pito real, el milano, etc.

Los reptiles encuentran el más agradable paraíso: lagartos, víboras, tortugas, eslizón…
Los anfibios son abundantes en las zonas húmedas: sapo de espuelas, sapo partero…

3. LA MARISMA
La marisma es el mayor ecosistema del Parque Nacional de Doñana. Es una amplia llanura que cambia bruscamente su aspecto según las estaciones del año. El suelo de la marisma es muy arcilloso y cuando se humedece con el agua de la lluvia, forma una capa impermeable que impide que el agua se filtre hacia abajo.

LA VERA es la franja que separa la marisma de los otros ecosistemas del parque. La vera resume la vegetación de los cotos, las dunas y la marisma y por ello es frecuentada por todos los animales del parque. En la parte más alta hay unos alcornoques de gran belleza e importancia biológica, pues son utilizados por las aves para hacer sus nidos. Son llamados "las pajareras de Doñana".

Aunque la marisma parece completamente llana tiene ligeros accidentes que se conocen con distintos nombres:

-Las vetas y los paciles son estrechas elevaciones que casi nunca se inundan.

-Los lucios son depresiones de hasta 1`20 metros de profundidad que se mantienen inundados buena parte del verano.

- Los caños y brazos son cauces profundos con aguas permanentes.

LA MARISMA SECA es la zona norte que es la de mayor altura y por tanto, difícilmente inundable. El suelo es muy salino y las plantas encuentran muchas dificultades para vivir. El almajo ha conseguido adaptarse a estas condiciones y es la más abundante.

LA MARISMA INUNDADA es la parte más baja, que se inunda todos los años, de octubre a julio, y con menor grado de salinidad. Todo esto favorece el desarrollo de la vegetación, que está compuesta por bayuncos, eneas, castañuelas, juncos y carrizos.

Las estaciones en la marisma

Cada estación del año el aspecto de la marisma es diferente y, por tanto , su forma también varía.
Con las primeras lluvias del otoño, la marisma comienza a inundarse y despierta. Desde la fría Europa llegan primero los gansos y después los patos y otras aves invernantes, que volverán a marcharse en primavera. Mientras tanto, los gamos en celo luchan por el dominio de las hembras.

En invierno la marisma se transforma en un mar azul de aguas tranquilas. Las aves acuáticas se cuentan por miles: ánsares, cercetas, patos reales, silbones, archibebes…
A comienzos de la primavera la marisma parece una verde llanura. La vegetación cubre las aguas y la llanura marismeña explota de tanta vida. Fochas, ánades y patos hacen sus nidos entre los juncos. Garzas, espátulas y cigüeñas empiezan a anidar en los alcornoques. En la vera, ciervos y gamos retozan.

Con el calor y la sequía estival, la marisma se convierte en una gran llanura de arcilla cuarteada por la que corretean liebres, conejos, gamos, ciervos y jabalíes. Las carpas ahogadas en el lado de los lucios son devoradas por los milanos.

LA PIRÁMIDE TRÓFICA DE DOÑANA
En la cumbre de la pirámide trófica de Doñana están el lince y el águila imperial: los grandes predadores del coto.
En la parte intermedia se encuentran los herbívoros, presas potenciales de los animales del estado superior, y los que directamente aprovechan la materia viva del estrato inferior.
La base de la pirámide la ocupa los seres autótrofos: los vegetales que representan el grupo más abundante. Junto a ellos, los desechos muertos precedentes de todos los estratos.