Desde tiempos remotos la marisma ha sido un lugar muy hostil para el hombre, siempre ha estado despoblada aunque intentaron asentarse romanos, godos, árabes y cristianos.
Los primeros escritos de la historia de Doñana datan del siglo XIII.

Siglo XIII

El rey Alfonso X "El Sabio" conquistó a los árabes del reino de Niebla, en el que estaba comprendido Doñana y hace de estas tierras su cazadero real.
A finales del siglo, su hijo Sancho IV " El Bravo" regaló estas tierras a Guzmán "El Bueno", Duque de Medina Sidonia por su hazaña en la defensa de Tarifa.

Siglo XVI

El Duque de Medina Sidonia estaba casado Ana de Mendoza de Silva. Esta señora se vino a vivir al coto y su marido le construyó una casa. A partir de entonces estas tierras empezaron a llamarse Coto o Bosque de Doña Ana y con el tiempo el nombre derivó a Coto de Doñana.

Siglo XVII

El rey Felipe IV visita el coto y los Duques de Medina Sidonia reconstruyen el palacio de Doña Ana. La presencia del Rey en el Coto fue un acontecimiento único y grandioso. Un personaje que acompañó a Felipe IV fue el escritor Francisco de Quevedo. No hay duda de que los paisajes del coto y la tranquilidad de la vida, en plena naturaleza, sirvieron de inspiración para algunas de sus obras.
En aquellos días se tiraron los primeros fuegos artificiales en el Coto y se celebró la primera fiesta taurina de Doñana.

Siglo XVIII

En el primer tercio de este siglo llegó al coto Felipe V, primer rey de la dinastía de los Borbones en España.
A finales de este siglo, la propietaria de estos lugares era la duquesa de Alba. Esta dama pasaba largas temporadas en el palacio y allí recibió visitas de ilustres personajes de la época, entre ellos Francisco de Goya, quien probablemente la tomó como modelo para pintar algunos de sus famosos cuadros: " La maja vestida" y "La maja desnuda".

Siglo XIX

A mediados de este siglo se celebra en el coto una gran montería que fue muy famosa por los invitados que asistieron a ella. Entre ellos destaca Eugenia María de Montijo, emperatriz de Francia, casada con Napoleón III.

Siglo XX

A principios del siglo XX gran parte del coto pertenecía al Duque de Tarifa. Este amplió el Palacio de Doñana, construyó el Palacio de Marismillas y el muelle de la Plancha.
En este tiempo el rey Alfonso XIII venía a cazar aquí.
Hacia los años treinta el coto pasa a otros dueños y termina fraccionándose entre varios propietarios particulares y organismos estatales, que ocupan y amenazan Doñana con proyectos de desarrollo y desecación de las marismas. En 1961 empieza una campaña pública para defender las marismas. Dos años después se crea la Estación Biológica de Doñana y por fin en 1969 el Ministerio de Agricultura crea el Parque Nacional de Doñana.
En 1978 aparece la Ley de Doñana, se amplía el Parque y se delimita el preparque.
Por último, a finales de los ochenta el Parlamento andaluz declara parque natural a una amplia zona denominada Entorno de Doñana.