A aparición das lagoas en concas terciarias remóntase a hai millóns de anos, cando estas concas actuaban coma concas endorreicas lacustres ou palustres recibindo as augas dos ríos de arredor. Daquela, cando o clima era máis cálido, as concas terciarias eran depresións do terreo en forma de cubeta. Os ríos que se dirixían a elas vertían as augas cargadas de sedimentos erosionados nos arredores. A perda de enerxía dentro da conca facía que os sedimentos se depositaran facendo un lento recheo da depresión. Tamén se depositaba abundante vexetación proveniente dos bordes das lagoas que posteriormente se transformaron en lignitos, como os explotados nas concas de As Pontes ou Meirama. Exemplos destas zonas temos en Vilalba, A Pastoriza, Maceda, Budiño ou a Limia, que posuía a 2ª maior lagoa de España ata a súa seca en 1958.

En moitas áreas da Terra Chá que forman parte da Reserva da Biosfera Terras de Miño estes depósitos están cubertos por extensas chairas aluviais  cuaternarias, formadas por gravas e areas que dan lugar a amplos vales de fondo plano. Estes vales inúndanse periodicamente na época de crecida dos ríos, dada a impermeabilidade dos depósitos arxilosos terciarios. Outros lugares nos que sucede o mesmo son zonas do río Limia-Ponteliñares en Ourense ou en pequenas zonas húmidas na conca de Maceda, tamén en Ourense.

As poucas lagoas permanentes que quedan, grazas a que o nivel freático se atopa preto da superficie, atópanse na Terra Cha, coma a Lagoa de Cospeito, que tivo que ser recuperada.

As lagoas glaciais son aínda máis escasas en Galicia e están relacionadas cos depósitos de morenas en áreas que estiveron cubertas de glaciais. Ao retirarse o glaciar, as acumulacións rochosas non permitiron eliminar toda a auga que quedou acumulada e formáronse pequenos lagos coma a lagoa de Lucenza en O Courel. Todas estas lagoas son importantes porque os seus sedimentos axudan a reconstruír o pasado recente.

As lagoas karsticas vincúlanse con surxencias en terreos calcáreos. Como en Galicia son escasos estes terreos a única lagoa de importancia coñecida deste tipo é a de Fonmiña, en a Pastoriza, Lugo.

As lagoas artificais aparecen en distintos puntos. A máis importante é a lagoa de Sobrado dos Monxes, no mosteiro do mesmo nome en A Coruña.

Relacionadas coa modelaxe costeira atopamos as lagoas máis abundantes en Galicia, que son as lagoas costeiras, formadas nas desembocaduras de ríos e regatos que levan xa un lento de vagar. As barras areosas reteñen a saída de auga, que se acumula sobre os sedimentos impermeables. Ás veces a orixe é unha pequena enseada que quedou pechada por barras areosas.  Algunhas lagoas costeiras son A Frouxeira (Valdoviño), Baldaio, Vixán, Xuño, O Trece, Carregal ou Doniños, estas dúas últimas de auga doce.