En la actualidad la mayoría de alimentos se consumen mucho tiempo después de haberlos obtenidos o producidos. Como consecuencia de esto, muchos de ellos pueden alterarse rápidamente, modificando sus características nutritivas y sensoriales; a estos alimentos se les denomina perecederos. Para evitarlo, es necesario conservarlos adecuadamente hasta su consumo. Se calcula que más del 20 % de todos los alimentos producidos en el mundo se pierden por acción de los microorganismos.

Además de microorganismos alterantes de los alimentos, existen microorganismos patógenos que pueden producir diversas enfermedades alimentarias. Éstas pueden ser de dos tipos:

1) Intoxicaciones alimentarias: son aquellas originadas por una sustancia tóxica (toxina) producida por el patógeno. La toxina puede haber sido producida en el alimento, antes de su consumo; o durante el desarrollo del microorganismo en el intestino, tras haber consumido el alimento contaminado. Algunos ejemplos de éstas son: intoxicación estafilocócica (por Staphylococcus aureus) y botulismo (por Clostridium botulinum). La intoxicación estafilocócica está producida, en muchas ocasiones, por el consumo de cremas contaminadas con el microorganismo. El botulismo es una enfermedad muy grave, provocada en muchos casos por el consumo de conservas caseras (especialmente de espárragos); en este caso, hay que tener mucho cuidado durante su elaboración y asegurarse una completa esterilización de la misma.

2) Infecciones alimentarias: son producidas por los daños causados por los patógenos al crecer en el intestino humano y atacar a las células intestinales. Algunas de las más conocidas son la salmonelosis (provocada por Salmonella) o la diarrea del turista (debida a  Escherichia coli). La salmonelosis es producida, frecuentemente, por el consumo de huevos y sus derivados (ovoproductos) contaminados con ese microorganismo. La diarrea del turista se produce por consumo de vegetales y agua de bebida no suficientemente higienizados; es muy frecuente entre personas que viajan a países en vías de desarrollo y que no tienen un adecuado sistema de potabilización de agua.

Para evitar el desarrollo de microorganismos en los alimentos se emplean diversos métodos de conservación. Éstos son muy variados, y en muchos casos se emplean varios para la conservación de un mismo alimento:

1) Frío: consiste en bajar la temperatura de los alimentos para evitar que se desarrollen los microorganismos. El frío apenas modifica las características nutricionales de los alimentos. Hay dos posibilidades: 

- Refrigeración: se enfría entre 0 y 7 ºC, como cuando introducimos los alimentos en la nevera. La mayoría de los alimentos refrigerados se conservan sólo unos pocos días.

- Congelación: el alimento es sometido a temperaturas inferiores a 0 ºC. Normalmente, en los congeladores caseros la temperatura ronda los -18 ºC, pero en las industrias se llega incluso a -35 ºC o temperaturas inferiores (ultragongelación). Los alimentos congelados se mantienen en buenas condiciones durante meses e incluso años, siempre que la cadena del frío se respete, es decir, que no se descongelen en ningún momento. 

2) Calor: se calientan los alimentos para destruir los microorganismos e inactivar las enzimas. Dependiendo del grado de calentamiento hay varios métodos:

- Pasteurización: se calienta como máximo a 100 ºC, dependiendo del producto, durante unos minutos. De este modo se destruyen muchos microorganismos, pero no todos. Se mantienen bastante las características del alimento, aunque suelen durar poco tiempo sin alterarse. Se aplica a la leche, zumos, cerveza, nata, algunas conservas vegetales, etc.  

- Esterilización: las temperaturas que se aplican son mayores de 100 ºC, durante varios minutos; para alcanzar estas temperaturas se aumenta la presión. Elimina todos los microorganismos presentes (esteriliza), pero también destruye muchas vitaminas y otros nutrientes, e incluso cambia el aroma. Los alimentos esterilizados se conservan durante varios meses, e incluso durante años. Se utiliza en la leche, conservas en lata, etc.  

- UHT (Ultra High Temperature): proceso intermedio entre los dos anteriores. Se somete el producto a temperaturas de unos 140 ºC durante unos pocos segundos. De esta forma se destruyen casi todos los microorganismos, pero conservando la mayoría de las vitaminas y características del alimento. El alimento así conservado dura varios meses. Se utiliza para la leche, nata, etc.

3) Deshidratación (desecación): se elimina el agua del alimento mediante el calor, de tal manera que los microorganismos no pueden desarrollarse sin ella. Una variante es la liofilización, en la que el alimento es desecado aplicándole el vacío mientras está congelado. Se venden desecados productos como: purés, leche en polvo, café soluble, sopas de sobre, pescados, etc.

4) Envasado al vacío o en atmósfera protectora: durante el proceso de envasado se retira el aire del alimento. Se aplica en numerosas conservas en frasco de vidrio o enlatadas, así como para mantener el café. En otros casos, se sustituye el aire por otros gases (nitrógeno o dióxido de carbono), denominándose envasados en atmósfera protectora (ej.: patatas fritas). Esas condiciones evitan el desarrollo de gran parte de los microorganismos al no poder realizar la respiración; además, se evita la actuación de enzimas que oxidan el alimento. 

5) Radiaciones: cuando determinados tipos de rayos se aplican sobre un alimento los microorganismos que éste contengan mueren y las enzimas se inactivan. Un ejemplo es el empleo de rayos ultravioleta (UV) para destruir microorganismos en productos de bollería y pastelería y también en algunas bebidas.

6) Ahumado: se somete al alimento al humo de madera, el cual suele contener sustancias antimicrobianas; además, el calor contribuye a destruir más microorganismos y desecar el alimento. Se emplea para algunas carnes (ej.: bacon ahumado) y pescados (ej.: salmón ahumado). 

7) Adición de conservantes u otras sustancias: tradicionalmente se han añadido sustancias a los alimentos para conservarlos, éste es el caso de la salazón (adición de sal al bacalao o a los jamones), aceitado (ej.: conservación en aceite de quesos), adición de vinagre (ej.: escabeches), etc. 

En la actualidad se añaden los llamados CONSERVANTES, sustancias que impiden el desarrollo de los microorganismos o los matan, y también destruyen o inactivan las enzimas. Los conservantes son aditivos alimentarios.