Una adecuada manipulación de los alimentos va a evitar la contaminación por microorganismos y su posterior desarrollo en los mismos. La manipulación es importante a nivel industrial, en restaurantes o comedores; pero además, también va a ser fundamental realizarla de una forma correcta en el hogar. 

Como ya hemos visto, la mayoría de las veces la contaminación por una inadecuada manipulación va a favorecer la alteración del alimento o el desarrollo de enfermedades alimentarias. El control de la contaminación es especialmente importante cuando el alimento va a ser consumido crudo o no va a sufrir ningún tratamiento de conservación que elimine de forma correcta los microorganismos contaminantes.

Los manipuladores de alimentos pueden contaminarlos durante su manipulación de diversas formas, poniendo en contacto los alimentos con superficies contaminadas, con otros alimentos contaminados, a través de utensilios, etc. Además, en algunos casos, los manipuladores de los alimentos pueden contaminarlos con microorganismos presentes en su cuerpo. Esto puede producirse porque tengan una enfermedad en fase aguda (ej.: salmonelosis), o bien porque ese individuo sea portador de esa enfermedad, aunque no presente los síntomas (ej.: portadores de Staphylococcus aureus productores de intoxicaciones estafilocócicas). Si el individuo está enfermo, la medida a tomar es apartarlo inmediatamente del procesado. Sin embargo, cuando los individuos son portadores, el problema puede ser mayor, pues no siempre son detectados a tiempo, produciendo contaminaciones de los alimentos de forma generalizada.

Algunas de las medidas de higiene mínimas a tener en cuenta durante la manipulación de los alimentos, son:

- No fumar ni mascar chicle. 

- No comer durante la manipulación.

- No tocarse zonas del cuerpo, ej.: rascarse, hurgarse la nariz, peinarse con las manos, etc.

- Lavarse adecuadamente las manos tras ir al servicio.

- Recogerse el pelo con gorros o redecillas.

- Utilizar guantes y ropa limpia durante la manipulación.

- Protegerse las heridas con vendajes impermeables y, en casos extremos, abstenerse de manipular alimentos hasta su curación.

Una vez elaborado el alimento, el último punto de la cadena comercial es la venta del producto en el comercio. Ésta se puede llevar a cabo de diversas formas: en mercadillos callejeros, mercados de abasto, supermercados o hipermercados, o tiendas de ultramarinos y especializadas.

Este punto de venta o de comercialización de un alimento va a ser también uno de los momentos en que puede producirse la contaminación. Es de gran importancia evitar que se produzca la contaminación durante la recepción del producto, conservación, manipulación y exposición al público. Para ello, en los puntos de venta están prohibidas diversas manipulaciones:

- Mantener sin refrigeración alimentos que la necesiten.

- Llenar en exceso los congeladores.

- Vender productos que se hayan descongelado.

- Vender productos que estén caducados.

- Permitir la entrada de animales y no proteger los alimentos frente a infestaciones.

Para que se permita su venta, los productos alimentarios envasados deben llevar obligatoriamente una información, que se recoge en la etiqueta del producto. En ella debe estar recogida la siguiente información:

- El nombre del producto, ej.: tomate triturado.

- Estado físico o tratamiento que ha sufrido, ej.: leche UHT.

- La lista de ingredientes y aditivos empleados en su elaboración, ej.: azúcar, potenciador de sabor, etc. En el caso de productos elaborados con transgénicos, debe incluir los indicativos: genéticamente modificado, o modificado.

- La cantidad (en peso, volumen o número de unidades, dependiendo del producto.)

- Calidad, ej.: espárragos extra; así como el origen y variedad en frutas y verduras.

- Modo de empleo, en aquellos casos en que se considere necesario.

- Instrucciones de conservación, ej.: mantener refrigerado.

- La fecha de envasado y la de caducidad (ej.: carnes crudas) o de consumo preferente (en la mayoría de los productos alimentarios). 

- Lote de fabricación. El conocer el lote es muy importante, pues permite inmovilizar rápidamente todos los productos del mismo lote si se detecta algún problema asociado a su consumo.

- Nombre y dirección de la empresa.

- Es recomendable incluir también los valores nutricionales del producto (kilocalorías, vitaminas, minerales y otros nutrientes que contiene).