Muchos de estos consejos se habían creado por los monarcas anteriores, en parte por los Reyes Católicos, y en parte por Carlos I. Se imponía la necesidad de esta organizaciósn al tener que gobernar territorios muy distintos y facetas muy diversas de gobierno.

Los consejos presentaron tres variedades: asesores, ministeriales y territoriales.
Los consejos más importantes fueron: