Decidida la guerra a favor de Isabel, comenzó la tarea de gobierno, que les llevó a iniciar una tarea de unificación religiosa y de ampliación territorial.

Al hablar de la política interior de los Reyes Católicos hay que delimitar claramente las diferencias entre los reinos de uno y de otro, y poner de manifiesto las funciones de los monarcas en la gobernabilidad de los reinos.

La definición de funciones en la Concordia de Segovia fue el primer paso en el que la reina mostraba ser consciente de sus derechos como reina, a pesar de que no faltaban miembros de la nobleza que no la querían por ser mujer. Isabel aceptaba el gobierno conjunto con su marido en el reino de Castilla, al que de manera expresa decía cederle el poder: “por el buen regimiento de mis reinos y señoríos… y porque cada uno donde fuera tenga poder entero de gobernar… doy poder al dicho rey mi señor… transfiriendo en el… toda aquella potestad, e aun suprema, alta y baja, que yo tengo y a mi pertenece como heredera y legitima sucesora que soy de los dichos reinos y señoríos”
D. J. Dormer, Discursos varios de Historia, Zaragoza, 1683

Con poder en Castilla, Fernando será el que conduzca buena parte de los negocios del reino, entre los que cabe destacar la ampliación territorial por las conquistas del reino de Granada primero y luego de Navarra.

La reina Isabel, a pesar de que en Aragón tenían prohibido reinar las mujeres, también intervino en ocasiones en asunto relacionados con esa corona.