La segunda fase de la conquista se centra en las guerras que mantuvieron con pueblos indígenas del centro peninsular, en concreto con los lusitanos y con los habitantes de la ciudad de Numancia. Con unos y otros el tipo de guerra fue distinto. Los lusitanos se enfrentaron al poder de Roma mediante la guerra de guerrillas. El ejército que este pueblo celta podía presentar frente al gran ejército romano les hizo renunciar a esta fórmula de guerra abierta, y practicar el tipo de asaltos a los que ellos estaban acostumbrados por su forma de vida.

Un historiador del siglo I a.C, Diodoro Sículo, decía de ellos  "Existe una costumbre… de los lusitanos, y es que cuando alcanzan la edad adulta, los que están más apurados de recursos, pero sobresalen por el vigor de sus cuerpos y su denuedo, proveyéndose de valor y de armas, se reúnen en las asperezas de los montes; allí forman bandas numerosas que recorren Iberia, acumulando riquezas con el robo, y ello lo hacen con el más completo desprecio de todo".

Esta forma de ataque la utilizarían con los romanos, a los que hacían mucho daño. Como los romanos sabían que el caudillo que les dirigía era el “pastor lusitano” Viriato, se propusieron hacerle desaparecer, lo que consiguieron sobornando a algunos de los amigos y seguidores del caudillo de los lusitanos. Tras morir Viriato en el 139 a.C., la conquista de la zona se consiguió unos años después, en el 133 a. C.

Ese mismo año los romanos conseguían doblegar Numancia, ciudad habían pretendido conquistar  durante casi veinte años, y que al final sitiaron durante meses para conseguir su rendición.

Como parte de esta fase de conquista habría que incluir también la ocupación romana de las islas Baleares, que se produjo en el año 123 a.C.